TeXstudio отделился от проекта Texmaker в 2009 г. и с тех пор обе среды разработки развиваются параллельно. Судя по сравнительной таблице, на сегодняшний день TeXstudio обладает наибольшим количество возможностей среди свободных кроссплатформенных редакторов для работы с TeX.

Общее

Поскольку обе системы растут из единого корня, то общего у них намного больше чем отличий. Здесь отмечу лишь некоторые сходные моменты, важные для меня.

• Словарь русского языка не входит в комплект поставки. В разделе настройки словарей TeXstudio есть ссылка на сайт расширений OpenOffice, где этот словарь можно получить.
• Существует портативная версия.
• Обе среды занимают почти одинаковое место на диске.
• Поддержка регулярных выражений.
• Добавление команд пользователя. С первого раза не нашел как это сделать в TeXstudio, но оказалось, что возможность такая есть. Откройте меню Preferences... (в русской локализации: Конфигурация TeXstudio...) и перейдите во вкладку Build (Построение). В нижней части окна вы увидите панель User Commands (Команды пользователя) с кнопкой Add (Добавить). Новый макрос будет доступен через меню Tool > User (Инструменты > Пользователь) или ему можно присвоить комбинацию клавиш вызова.

Особенности TeXstudio

По большей части здесь перечислены преимущества, но есть и несколько спорных, на мой взгляд, моментов.

• наглядная ссылка: указав мышью на содержание \ref вы можете увидеть во всплывающей подсказке объект, отмеченный соответствующей меткой.
• умная компиляция: если текст нужно оттранслировать несколько раз, например, чтобы разместить ссылки, TeXstudio сделает автоматически.
• закладки: можно ставить закладки на избранные места документа.
• мульти-курсор: возможность одновременного выделения нескольких фрагментов документа. Особенно полезно в таблицах.
• автодополнение команд. Кроме самой функции, которая есть и в Texmaker, выдаётся также краткая справка о дополняемой команде. Нужно ли это?
• больше мастеров. Например, есть мастер вставки графики.
• поддержка перетаскивания изображений в редактор. После перетаскивания открывается мастер вставки графики.
• панель форматирования таблиц.
• расширенная подсветка синтаксиса: при наведении на \usepackage дается краткая информация о пакете; оригинально подсвечиваются неизвестные TeXstudio команды (но нужно ли это?).
• свёртка элементов документа: не только формул, но и разделов.
• конвертировать в HTML: есть и такой пункт меню.
• приоритеты при подсветке синтаксиса. Кроме того, настраивается подсветка команд и окружений, заданных пользователем. Для этого нужно указать в конфигурации редактора "Показать расширенные параметры".
• встроенный язык редактора: в этом качестве можно использовать JavaScript.

По ощущениям, TeXstudio выглядит более навороченным. Texmaker попроще и кажется более простым в освоении.